2003年サムソンの生まれは、家族経営の零細牧場で、父がオペラハウス、母は未勝利馬という地味なものだった。とある調教師がこの仔馬に素質を感じ、馬主に購入するよう推薦したが、地味な血統のため断られたというエピソードもある。なかなか買い手がつかなかったが、瀬戸口勉の勧めにより松本好雄が700万円と言う安値で購入した。瀬戸口はサムソンのデビュー時に武豊と福永祐一に騎乗を依頼したが、それぞれ先約があって断られた。代わりにベテラン騎手の石橋守にその手綱を委ねることになる。
2歳
２歳夏の小倉でデビューするが、新馬戦は2着に惜敗。次の未勝利戦も3着で、3戦目で初勝利を挙げる。続く野路菊Sで、出走馬中最速の上がりで勝利する。その後、萩S東スポ２歳S共に2歳王者になるフサイチリシャールに敗れている。その後、中京2歳Sを1分47秒5のレコードで快勝して2歳時を終えた。2歳時の通算成績は7戦3勝。この時点では翌2006年のクラシック路線にほのかな期待があった程度だった。
3歳
　きさらぎ賞から始動するが、ドリームパスポートの2着に敗れる。続いて出走したのはスプリングS。ここにはフサイチリシャール、ドリームパスポートが出走しており1、2番人気に支持され、メイショウサムソンは4番人気にとどまる。しかし、直線で一足早く抜け出すと、相次いで追い込んできた2頭をぐっと頭を伸ばして抑えこみ、重賞初制覇を飾った。スプリングSの後にフサイチリシャールに騎乗していた福永祐一が「メイショウサムソンが思った以上に強くなっていた」と語った。これで皐月賞の優先出走権を得たが、多くの競馬ファンや予想家は前走の勝利をレース展開に恵まれたフロックと考えており、単勝馬券は6番人気の穴馬扱いであった。しかし、レースでは、落ち着きを見せて5番手で折り合いをつけると、第4コーナー、他の人気馬よりも早く抜け出す。今度は直線で前走ほどの接戦にはならず、内ラチ沿いを猛追してきたドリームパスポートを抑えこみ、クラシックの栄冠を手に入れた。石橋にとっては騎手生活22年目でのGI初制覇であり、瀬戸口にとってはネオユニヴァースに続く2回目の皐月賞制覇、そして定年を翌年に控えてのクラシック制覇となった。更に1番人気で迎えたダービーは、稍重の馬場の中、道中は先行集団につけ、直線、逃げ粘るアドマイヤメインをクビ差差しきりダービー馬となった。前年のディープインパクトに続き、二冠馬となった。余談だが、小倉デビュー馬の日本ダービー制覇は、これが史上初のことである。夏を厩舎で過ごしたメイショウサムソンは、秋の初戦に神戸新聞杯を選択した。最後の直線では類稀なる勝負根性を見せ、並んでいた2頭を交わし先頭に立ったものの、最後には大外から一気に追い込んできたドリームパスポートに交わされ2着となった。菊花賞では三冠を期待され1番人気に推されたが、逃げるアドマイヤメインを猛追するも届かず、ドリームパスポート、伏兵ソングオブウインドにも差され4着となり、三冠制覇はならなかった。続いてのジャパンカップでは小雨が降る中、瞬発力が必要となる競馬となり6着に敗れた。次の有馬記念では接触する不利もあり、5着に敗れた。
4歳
　07年2月をもって瀬戸口が定年退職となり、高橋成忠厩舎へ転厩した。放牧を終えて、転厩初戦として臨んだのは大阪杯。レースでは以前のようなかかり癖を見せずに、粘るシャドウゲイトをねじ伏せ、日本ダービー以来の勝利を挙げた。次の天皇賞（春）では、昨年の菊花賞で4着に敗れていることから、高速馬場への適性や長距離適性が疑問視されたが、第4コーナーで先頭に立つと持ち前の勝負根性で後方から詰め寄って来たエリモエクスパイアとの叩き合いを制し、GI3勝目を挙げた。3:14.1この勝ち時計は、歴代の天皇賞（春）の優勝馬の中で（当時）2番目に速いものだった。ちなみに、大阪杯の優勝馬が天皇賞（春）を制したのは、スーパークリーク以来17年ぶりのことであり、三冠を達成できなかった春のクラシック二冠馬（皐月賞・東京優駿）が春の天皇賞を制したのは史上初のことであった。続いての宝塚記念ではファン投票で1位に選出されながら2番人気で出走。レースではじっくり中盤で控え、直線半ばでカワカミプリンセスをかわして先頭に立つものの、最後にメイショウサムソンをマークしていたアドマイヤムーンとの叩き合いの末交わされ2着に敗れた。サムソンは、その血統から凱旋門賞挑戦が決まった。鞍上は武豊。しかし、当馬が馬インフルエンザに感染していたことが明らかになり、遠征を断念した。秋のローテーションは、前哨戦を使わず緒戦となる回天皇賞（秋）に出走することになった。そして迎えた天皇賞（秋）では、4ヶ月ぶりの実戦ながら、直線で抜け出すと前回敗れたアドマイヤムーンや、前年の覇者ダイワメジャーら他馬を全く寄せ付けずに快勝した。ただ、レースではコスモバルクとエイシンデピュティが大きく斜行し、アドマイヤムーンやダイワメジャーらに致命的な不利を与えてしまったこともあり、有力馬に騎乗していた騎手からは不満の声が多く聞かれた（審議の結果、エイシンデピュティは降着となった）。調教師である高橋も、「外の馬が変な形になっていて、勝つには勝ったけど、後味の悪い感じもします。」とコメントを出した。この勝利により勝ち抜け制度が廃止された1981年以降4頭目となる天皇賞春・秋の連覇を達成した。次走のジャパンカップでは圧倒的な1番人気を得たが、外目を回らされるというロスも響いて、直線で差を詰めるものの、前の2頭には粘りきられて3着と敗れた。そして有馬記念へ。しかしレースでは、スタート直後に武が手綱をしごいても、前に馬が行かず、前走以上に控えたポジションになってしまった。また、向正面で既に大外を回っており、最終コーナーでもそのまま大外を通ったことなども響いたのか、肩ムチを入れても直線でスピードに乗らずに結局経済コースとスローペースの展開を生かしきった伏兵マツリダゴッホの8着と惨敗した。